2020年8月11日,来自西班牙格罗宁根大学的傅威远教授制作团队在Nature Communications上发表篇篇名Gut microbial co-abundance networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity的篇名。
肠胃病症原体群是一个相关复杂电磁场的生态。目前,数据研究其他部门对肠胃病症原体群在保健和疟疾之前的起着的了解主要比如说并不相同的病症原体需求量级,而对病症原体电磁场在人类文明疟疾剧中下的起着知之甚少。在这里,数据研究其他部门使用来自四同样类文明描述符的2379个元基因四组构建并更为了病症原体共五需求量级在线:一个上皮细胞性肠病症(IBD)描述符,一变异形增加描述符和两个基于成年人的描述符。数据研究其他部门辨认出,38.6%的群落共五需求量级和64.3%的途径共五需求量级的其中心在描述符错综复杂存在清高着相似之处,113个群落和1,050个途径共五需求量级推断出IBD抗体效应,281个途径共五需求量级推断体形增加抗体效应。数据研究其他部门也可以在统合人类文明病症原体四组(iHMP-IBD)工程项目的IBD描述符的纵向数据之前遗传物质这些IBD病症原体共五需求量级。数据研究其他部门的数据研究确认了IBD和体形增加的几个更为重要群落和途径,并提供了迹象确实疟疾之前病症原体需求量级的改变可以受到影响它们的共五需求量级关联,这独特了数据研究其他部门目前对疟疾之前病症原体失调的认识。
肠胃病症原体共五需求量级在线的构建
研究推断,病症原体四组成和新功能图谱在太大某种程度上是重叠的,尽管数据研究其他部门通过观察到IBD描述符之前的群落四组成发生了清高着波动。至少一个描述符之前>20%的比对之前存在的134个细孢子大类和343个病症原体途径被纳入病症原体在线推断。数据研究其他部门结合SparCC和SpiecEasi方法有建立了病症原体共五需求量级关联。
对于群落在线,数据研究其他部门在LLD描述符之前确认了2604个共五同需求量级,在500FG描述符之前确认了1591个共五同需求量级,在300OB描述符之前确认了1107个共五同需求量级,在IBD描述符之前确认了2554个共五同需求量级,总共五造成了3454个多样的群落共五同需求量级。值得注意的是,82.1%的群落共五同需求量级也表现出共五现。
对于途径,共五需求量级的需求量从500FG的37,279个到LLD的40,699个都为,总共五造成了43,355个多样的途径共五需求量级。
并不相同的病症原体共五同需求量级揭示在需求量级水平上
当放大相关可变共五需求量级的100个群落和304条途径时,76%的群落和84%的途径在描述符错综复杂的需求量级水平也推断出清高着相似之处。这意味着可变的共五需求量级关联在太大某种程度上揭示在并不相同的病症原体需求量级上。数据研究其他部门总结了来自同一旧属或来自并不相同旧属的群落错综复杂相似之处共五需求量级的需求量。共五需求量级异质性最小的旧属是脑膜炎,不仅在并不相同的脑膜炎错综复杂通过观察到大量并不相同的共五需求量级,而且在脑膜炎与其他旧属的群落错综复杂也通过观察到大量并不相同的共五需求量级,如真细孢子和韦洛氏孢子。在IBD描述符之前,脑膜炎的大类很低,这与之前的数据研究结果一致。对途径共五需求量级也辨认出了相近的通过观察,比如说是过氧化物途径,它不仅在自身内部,而且在与核苷和核苷酸过氧化物层面的各种途径层面也推断出生态系统。
特定的病症原体共五需求量级在疟疾描述符之前硫化物
数据研究其他部门研究了可变的共五同需求量级关联是否是由特定的描述符马达,即一个描述符之前的描述符需求量级其中心是否是与其他三个描述符之前的描述符需求量级其中心有太大并不相同。奇怪的是,与基于社群的描述符比起,疟疾描述符之前的群四组抗体共五需求量级清高着硫化物:113(94%)个群落共五需求量级和1050个(72%)途径共五需求量级与IBD描述符特异层面,281个(19.4%)途径共五需求量级与300OB描述符特异层面,比起之下,只有3个群落和117条途径的共五同需求量级关联专旧属于基于种群的描述符LLD和500FG。数据研究其他部门的结果忽视了病症原体的共五同需求量级取决于寄主的保健和疟疾状况。
IBD之前的病症原体共五需求量级在线
在统合人类文明病症原体四组工程项目(iHMP-IBD)描述符之前遗传物质IBD在线:在数据研究其他部门的IBD描述符之前建立的2554个群落和37,699个途径共五需求量级之前,数据研究其他部门能够风险评估iHMP-IBD39之前77个IBD变异之前的2090个群落共五需求量级和37,106个途径共五需求量级。群落共五同需求量级的相对很低遗传物质部将在太大某种程度上是一个功部将问题,因为数据研究其他部门还通过观察到,1705(81.6%)个群落共五同需求量级和24,165个(65.1%)途径共五同需求量级在数据研究其他部门的IBD描述符和iHMP-IBD描述符错综复杂的共五同需求量级其中心无法清高着相似之处。然后,数据研究其他部门更为了iHMP-IBD描述符第一个和终于一个短时间点(相隔~1年)错综复杂的IBD在线,遗传物质了90.6%的群落共五需求量级和99.6%的途径共五需求量级。这确实,数据研究其他部门对IBD共五需求量级其中心的估计在并不相同的描述符之前太大某种程度上是可减法的,并且随着短时间的推移是牢固的。
IBD的病症原体在线与疟疾构造的关联:基本上的数据研究确实,通过观察到的病症原体需求量级相似之处可以用IBD14的某些疟疾构造来阐释。因此,数据研究其他部门假设相异需求量级关联也也许是这种情况。数据研究其他部门风险评估IBD共五需求量级是否是与疟疾亚型[溃疡性结肠炎(UC,n=189)与克罗恩病症(CD,n=276)]、疟疾部位[胃(n=212)与结肠(n=286)]以及疟疾活动[上皮细胞(n=121)与非上皮细胞(n=377)]层面。大多数共五需求量级关联在疟疾构造错综复杂是可比的,只有少数在FDR
与药品层面的IBD病症原体在线:数据研究其他部门进一步测试了药品使用是否是会受到影响病症原体共五需求量级,因为IBD病症征使用药剂(20.0%)和质子泵抗病症毒(PPI;26.5%)低于大多成年人描述符(1.1%和8.4%)。数据研究其他部门辨认出药剂用家和非药剂用家错综复杂的群落共五需求量级无法清高着相似之处,而在37,959(3.7%)条途径共五需求量级关联之前,有1049条(3.7%)的途径共五需求量级关联在PPI用家和非用家错综复杂推断出统计上的清高着相似之处,比如说是与异戊二烯过氧化物和甲基赤藓糖醇羟基途径有关。
IBD之前的更为重要群落和途径:当将IBD之前的病症原体共五需求量级与其他3个描述符进行更为时,数据研究其他部门确认了113个群落共五需求量级和1050个路径共五需求量级,与其他3个描述符比起推断出清高着并不相同的受到影响。然后,数据研究其他部门风险评估这些IBD抗体共五需求量级是否是与也许与疟疾层面的特定途径或群落高度层面24,数据研究其他部门的研究确认了IBD的三个更为重要群落和四个更为重要途径。
全面性孢子种为病症原体、产状红花杆孢子和怀特文尼茨放线孢子。病症原体和产甲氧孢子当初曾与IBD14,41-45层面。奇怪的是,病症原体与很强促炎物理性质的群落(如变形脑膜炎)推断出自始的共五需求量级关联,而与很强抗炎物理性质的群落(如普氏镰刀孢子)推断出负的共五需求量级关联。
IBD的更为重要途径之外C1化合物能用和汉民族途径、两条维生素过氧化物途径和过氧化物途径。IBD之前最更为重要的新功能途径是硒TCA循环系统途径(P23-pwy),它有76个IBD抗体共五需求量级,其之前94.7%在iHMP-IBD描述符之前遗传物质。硒TCA循环系统是一条二氧化碳单独途径,已被相信是产出常用糖、脂、、核糖和菜醌过氧化物的有机分子的完整途径。
尽管IBD之前这一途径的需求量级较高,但IBD之前这一途径的共五需求量级关联(r=0.1)弱于其他描述符(r=0.3)。数据研究其他部门辨认出IBD病症征之前18.8%的菜醌过氧化物途径是由病症原体贡献的,是两个成年人描述符的2倍。这一辨认出确实,病症原体是IBD之前菜醌过氧化物的重要贡**,这也许会倡导其他病症原体的生长。事实上,数据研究其他部门的数据研究还揭示了病症原体是IBD的更为重要群落,与15个群落表现出IBD特有的共五需求量级关联。其之前,与上皮细胞层面的脑膜炎大类有很强的自始层面性,之外变形脑膜炎、正中脑膜炎和婴儿脑膜炎。因此,与其他描述符比起,IBD病症征的菜醌过氧化物与脑膜炎大类错综复杂的层面性很低。
300OB之前的病症原体共五需求量级在线
300OB在线在LLD体形增加变异之前的遗传物质:在300OB描述符之前检测到1107个群落和37,886个途径共五需求量级。这些估计的共五需求量级其中心在LLD描述符之前年龄和体形指数(BMI)归一化的134名体形增加者之前大部分可遗传物质,991(89.5%)种共五需求量级和32,963(87.0%)途径共五需求量级推断无法相似之处。
与体形增加层面疟疾层面的病症原体在线:300OB描述符是为了数据研究体形增加同样的心血管疟疾而设立的,其之前之外139名动脉粥样愈合斑块病症征和159名体形增加对照。此外,35名300OB参与者患有糖尿病症。在这里,数据研究其他部门只通过观察到三种与心血管疟疾层面的群落共五需求量级,所有这三种群落在有斑块的病症征之前都推断出比无法斑块的病症征更强的共五需求量级。
体形增加的更为重要途径:当数据研究其他部门更为300OB和其他3个描述符之前的病症原体共五需求量级时,数据研究其他部门确认了281个途径共五需求量级,它们推断出清高着并不相同的受到影响,即体形增加抗体共五需求量级。体形增加的一个更为重要途径是尿囊素的交联,它推断了85条途径的体形增加抗体共五需求量级关联。尿囊素是多种豆科植物(如)之前的活性成分之一,被辨认出很强倡导药剂排泄和降低血糖的起着。其交联转化红花酸在丙酮酸酯/糖类之前起抑制起着。与此相符合,数据研究其他部门辨认出尿囊素交联途径与丙酮酸/糖类(之外赖氨酸、高丝氨酸、糖类、苏氨酸和异亮氨酸)的过氧化物途径和糖类的过氧化物途径黄绿色较强的负层面,两者外与空腹血糖水平黄绿色自始层面,与空腹药剂水平黄绿色负层面。
完整原文:
Lianmin Chen, Valerie Collij, Martin Jaeger, et al.Gut microbial co-abundance networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity.Nat Commun. 2020 Aug 11;11(1):4018. doi: 10.1038/s41467-020-17840-y.
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